В системе Flatpak, предоставляющей средства для создания самодостаточных пакетов, которые не привязаны к конкретным дистрибутивам Linux и выполняются в специальном изолированном контейнере, выявлена опасная уязвимость (CVE-2017-9780), позволяющая повысить свои привилегии в системе. Проблема устранена в выпуске Flatpak 0.8.7 и 0.9.6, а также в пакетах для Debian. Уязвимость пока остаётся неисправленной в репозиториях Fedora и Ubuntu.

Уязвимость позволяет подготовить вредоносный Flatpak-пакет, содержащего файлы с некорректными правами доступа, например с флагом setuid или открытые всем на запись. После установки такого пакета, подобные файлы сохраняются в локальной системе с теми же правами, что позволяет локальному атакующему добиться выполнения поставляемого в пакете исполняемого файла с флагом suid или организовать запись в области, доступные всем на запись.

В случае, когда Flatpak-пакет содержит системный обработчик («system helper»), компоненты которого принадлежат пользователю root (используется, когда Flatpak-пакет устанавливается для всех пользователей в системе), возможна организация запуска приложения с флагом setuid root.

Следует отметить, что запуск вредоносного Flatpak-пакета при помощи Flatpak не представляет опасности, так как он запускается в режиме PR_SET_NO_NEW_PRIVS, не допускающем смену привилегий. Но атака может быть совершена другим локальным пользователем, который может обратиться к установленным файлам Flatpak и запустить suid-файл напрямую, минуя инструментарий Flatpak, получив полномочия пользователя, под которым установлены файлы вредоносного Flatpak-пакета (root, в случае если пакет был установлен администратором для всей системы).